# S2-15
- **Datum izdelave**: 2026-05-08
- **Koda seminarja**: S2-15

## Računalniška akrobacija
1. Ugotovi, kateremu proteinu pripada spodnje aminokislinsko zaporedje.
```
>seq1
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNH
PNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHS
HRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYY
STAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSF
PKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
```
2. Kje v celici se nahaja ta protein?

3. Do katere posttranslacijske modifikacije pride na ak ostankih 15 in 160? Kako to vpliva na aktivnost encima?

4. Napiši ime in zaporedno številko ak ostanka, ki je v aktivnem mestu.

5. Primerjaj tri homologe (Cricetelus griceus, human, Bos taurus). Ti homologi imajo regije, ki niso konzervativne. Modeliraj protein s Swiss Model in ga vizualiziraj v Chimeri, ter pobarvaj nekonzervativne ak-ostanke z drugo barvo.

6. Zaporedje poravnaj s čim več človeškimi homologi v Clustal Omega nato pa poravnaj še ortologe danega proteina in poravnavi primerjaj ter komentiraj. Vizualiziraj drevesi v Phylo.io
 
7. Ti proteini interagirajo s ciklini. Poišči aminokislinski zaporedji za ciklin-A1 in A2, ter ju poravnaj z orodjem Emboss Dotmatcher. Kateri konec je bolj ohranjen: N- ali C-končni?