# S1-08

- **2026-05-07**: 
- **S1-08**: 

## Naloga
Preučuješ rakave celice in pri tem opaziš, da se celice hitro delijo, kljub temu da protein p53 ni bil mutiran. Med branjem raziskav naletiš, da obstaja sorodni protein p73, ki ima podobno zgradbo in lahko aktivira iste gene za apoptozo, vendar se v rakavih celicah obnaša različno kot p53. Proteina p53 in p73 primerjaj.

Kateri protein je večkrat omenjen v znanstvenih preglednih člankih in koliko takih člankov obstaja? V koliko znanstvenih člankih sta omenjena oba proteina hkrati.

Primerjaj dolžini človeške mRNA za oba proteina. Navedi tudi število aminokislin, ki sestavljata proteina. Zakaj pride do razlike v dolžini proteina? Ali ima kateri od proteinov kakšno dodatno domeno?

P53 in p73 spadata v isto družino. Ali imata še kakšnega paraloga?

Poišči strukturi obeh proteinov pridobljene iz človeka in napiši accession code. Kaj opaziš? Razloži svoja opaženja. (Pomagaj si z AlphaFold)

Poišči strukturo s kodo 2mw4 in odgovori na vprašanja. Kako se protein ureja? Kaj je bil izvorni organizem za določitev te strukture in s katero metodo so strukturo določili? Kako se p53 razlikuje iz ostalih proteinov iz iste družine glede na sekundarno strukturo.

Kateri posttranslacijski modifikaciji opazimo pri obeh proteinih, če prezremo PTM »Modified residue (large scale data)«?

Poišči točne molekulske mase proteinov in napiši katera dva aminokislinska ostanka se največkrat pojavita v zaporedju. Kakšen tip ionskega izmenjevalca bi uporabili pri pH 7.

Poravnaj človeška proteina p53 in p73. Katera poravnava je ustreznejša – lokalna ali globalna?